رفیع الدین سید محمد نایینی اصفهانی

رفیع الدین سید محمد نایینی اصفهانی

شهرت :

میرزا رفیعا نایینی
تاریخ وفات :
7/10/1080
مزار :
تکیه میرزا رفیعا
زمینه فعالیت :
عالم فقیه,محقق

رفیع الدین سید محمّد بن حیدر حسنی حسینی طباطبایی نایینی اصفهانی
مشهور به میرزا رفیعا نایینی. حکیم فقیه، مفسر ادیب، متکلّم و محدّث خبیر از بزرگان مکتب فقهی فلسفی اصفهان در قرن یازدهم هجری.
نامش محمّد، با لقب رفیع الدین و مشهور به «رفیعا»، «میرزا رفیعا» و «آقا رفیعا» است. نسبش از سوی پدر با 24 واسطه به حضرت امام حسن مجتبی (علیه السلام) و از سوی مادر به حضرت امام حسین(علیه السلام) می رسد. پس از طی سیزده فاصله به طاهر بن علی و با نوزده پشت به ابراهیم طباطبا می پیوندد. پدرش میر سیّد حیدر بن زین الدّین علی از زاهدان و پرهیزکاران زمان بوده و گویا امامزاده حیدر مدفون در شمال میدان معصوم خانی مقابل مسجد کلوان نایین هموست. گفته می شود که نیای هفتمش بهاءالدین حیدر بن کمال الدّین حسن نیز از امامزادگان مشهور زوارة اردستان است که در زمان هلاکو شهید شده است. گویا نیای پدر یا مادری اش یزدی بوده اند؛ ولی یزدی بودن نیای پدری یا مادری آن جناب با نایینی بودنش منافات ندارد و نایینی بودن میرزا رفیعا غیر قابل انکار است. وی از سادات ساکن نایین بوده که یا از یزد و نایین به اصفهان و سپس به زوارة اردستان منتهی شده اند و یا از زواره اردستان به نایین مهاجرت کرده اند. گروهی از مورخان معتقدند که میرزا رفیعا با سیّد جلیل القدر معاصرش نورالهدی قاضی نور، نیای اغلب سادات نایین مانند جلوخان، قاضی نور، خوانین، عموزاده بوده و نیای مشترک ایشان در نسل چهارم بوده است. ولی مرحوم بلاغی معتقد است که میرزا رفیعا از سادات طباطبایی زواره نیست که شعبة آنان به نایین آمده و به نام قاضی نور معروف شده است، بلکه از ساداتی است که از یزد و نایین به اردستان و زواره رفته اند. در هر حال اولاد و احفاد میرزا رفیعا پس از حمله افغان به زواره مهاجرت کرده اند.
اساتید و شاگردان؛ میرزا رفیعا حدود سال 995ق در زمان سلطنت شاه عباس کبیر در نایین به دنیا آمد. در آغاز جوانی به، اصفهان آمد و تحصیلات عالی خود را نزد حکیمان و فقیهان نام آور مکتب فلسفی اصفهان مانند ملا عبدالله شوشتری، شیخ بهایی، میرداماد و میرفندرسکی سپری کرد و از سوی شوشتری و شیخ بهایی به دریافت اجازه نایل گشت. میرزا رفیعا زمان شاه عباس اول(متوفی1038ق) را تا عهد شاه سلیمان صفوی(1105-1077ق) درک کرده است. اما طلوع شهرت و اوج نفوذش مقارن عهد شاه صفی (1052-1038) بوده است. از اعاظم علمای حکومت صفوی و از دانشمندان طراز اول زمان خود به شمار می رود و آوازة فضل و دانش و اخلاق و فضیلت او در اطراف و اکناف ایران، سیل مشتاقان علم و معرفت را به سوی او رهسپار نمود. تمامی منابع و نویسندگان نام او را به بزرگی و احترام برده و عظمت قدر و سعة صدر، تقوی و وارستگی و استادی اش در فنون و دانش های گوناگون عقلی و نقلی را ستوده اند. محضر او محل استفادة فضلا و علمای حوزة اصفهان و از معروف ترین و بزرگترین مدارس دانش پژوهان قرن یازدهم به شمار می رفته است؛ از جمله بزرگانی که نزد وی شاگردی کرده یا از وی به دریافت اجازه نایل گردیده اند، می توان به فقها و محدثان یا حکما و متکلمان نام آور ذیل اشاره کرد: ملا محمّدباقر مجلسی، شیخ حر عاملی، سیّد نعمت الله جزایری، میر سیّد محمّد اسماعیل خاتون آبادی، ملا محمّدرفیع بن فرج گیلانی، میر عبدالحسین خاتون آبادی، شیخ ابوطالب گیلانی اصفهانی، میرمحمّدصالح خاتون آبادی، میرمعصوم حسینی تبریزی، محمّدمهدی بن رضا مشهدی، میرزا ابوالحسن بهاءالدّین محمّد نایینی اصفهانی، شیخ عیسی جیرانی بن محمّد صالح بیک تبریزی، مولی لاچین بن عبدالله گرجی اصفهانی، محمود شیرازی، ملا عبدالله تونی، محمّدقاسم تبریزی، محمّدباقر حسینی، محمّدرضا بن محمّد صفی تبریزی و ابن محمّد شفیع.
شماری از نویسندگان به شاگردی بزرگانی مانند آقا حسین خوانساری، محقق سبزواری و ملا محمّدصادق اردستانی نزد میرزا رفیعا نایینی اشاره کرده اند. با توجه به تقدم سنی میرزا رفیعا بر دانشمندان نامبرده و جایگاه والای علمی و تسلط وی بر دانش ها و فنون مختلف، به نظر می رسد که بسیاری از فضلا و طلاب جوان مشغول به تحصیل در حوزة اصفهان در نیمة اول قرن یازدهم، از محضر میرزا رفیعا نیز بهره برده باشند. از این رو چه بسا بزرگانی مانند فاضل سراب، آقا جمال خوانساری، میرزای شروانی، آقا رضی خوانساری، ملا سعید مازندرانی و مانند آنان نیز از جناب میرزا رفیعا استفاده کرده باشند. گفتنی است که هانری کربن در تاریخ فلسفه اسلامی میرزا رفیعا را از شاگردان آقا حسین خوانساری معرفی کرده که نادرست است.
آثار و تألیفات؛ وی در شاخه های گوناگون علوم و معارف اسلامی آثاری ارزنده و برجسته از خود به جای گذاشته است.
1. «اجوبة المسائل» در فقه به فارسی. 2.«اسماءالحسنی» به فارسی. 3.«التّشکیک» یا رساله «فی التّشکیک و حقیقته»، به عربی در فلسفه و حکمت اسلامی. 4.«ثمرة شجرة الهیه»،
5. «حاشیه بر استبصار» شیخ طوسی.
6.«حاشیه بر اصول کافی» یا «شرح اصول کافی» به عربی.
7.«حاشیة شرح اشارات».
8.«حاشیه بر ارشاد الاذهان» علامه حلّی در فقه به عربی.
9.«حاشیه بر ارشاد الاذهان» محقق اردبیلی
10.«حاشیه بر شرح حکمة العین» میر سیّد شریف گرگانی
11.«حاشیه بر شرح حکمة العین» میرک بخاری
12. «حاشیه بر شرح مطالع» در منطق.
13.«حاشیه بر شرح مختصرالاصول» 14. «حاشیه یا شرح بر صحیفة سجادیه»
15.«حاشیه بر قواعد» علامه حلی
16.«حاشیه بر مختلف الشیعة» علامه حلی در فقه و به عربی.
17.«حاشیه بر مدارک الاحکام» سید محمّد عاملی در فقه به عربی.
18. «حاشیه بر معالم الاصول» شیخ حسن بن زین الدّین عاملی، در اصول فقه و به عربی
19.«حاشیه یا شرح نهج البلاغه».
20.«رسالة فی شبهة الاستلزام و جوابها»
21.« رساله در شبهة تناقض»
22.«رساله در تحریم تسمیه صاحب الزّمان(عج)»، یا «رسالة تحریمیه»
23.«رساله در سریان وجود»
24.«رساله ای در صرف و نحو» به فارسی.
25. «رساله ای در صلاة جمعه» به عربی
26.«رساله ای مشتمل بر علم الهی» در اثبات نبوت و امامت و معاد.
27.«رساله ای در کلام» به فارسی. 28.«رساله ای در فقه» به طریق استدلال نزدیک به ده هزار بیت.
29.«شرح حدیث حدوث الاسما»
30.«شجرة الهیه» به فارسی.
31.«فتوایی در ذم صوفیه» 32. «مکتوبات و نامه ها».
جایگاه علمی میرزا رفیعا؛ او در دوران طلایی و اوج شکوفایی فرهنگ و معارف شیعه در قرن یازدهم هجری می زیست و خود از افتخارات و سرمایه های بزرگ علمی و معنوی آن عصر به شمار می رفت. از القاب و عناوین برجسته ای که علمای معاصرش برای او ذکر کرده اند، به خوبی می توان به مقام و منزلت علمی وی در حوزه بزرگ اصفهان پی برد. صاحب «سلافة العصر» از او به «دانشمندترین فرد زمان» و علامة مجلسی به «سرور و بزرگ فیلسوفان و حکیمان الهی» و صاحب «جامع الرواة» به «پیشوای محققان» تعبیر کرده اند و در مآخذ معتبر، دقت و ژرفای اندیشه، استحکام و صلابت رأی، گستردگی معلومات و سعة صدر او را ستوده اند. او فقیهی صاحب نظر و مجتهدی توانا و از مفتیان عهد صفوی به شمار می رفت که در حل و فصل دشواری های فقهی، پادشاه وقت به او مراجعه می کرد. در مسألة نماز جمعه که اکثر فقیهان زمان یا به وجوب عینی و یا به حرمت آن قایل بودند، به وجوب تخییری آن معتقد بود و دیدگاهش در میان فقیهان مطرح و محل بحث و گفتگو قرار گرفت، از جمله میرزا علیرضا تجلی در ردیة خود بر رسالة محقق سبزواری- که قایل به وجوب عینی نماز جمعه بود- به رأی میرزا رفیعا اشاره می کند. علما و فضلای وقت نیز پرسش های فقهی خود را از او جویا می شدند و به فضیلت و اعلمیت و جامعیت او اذعان داشتند. میر سیّد مهدی حسینی از فضلای آن زمان بیش از سیصد پرسش فقهی را از او جویا می شود که با پاسخ های عالمانه و فقیهانه میرزا رفیعا روبرو می شود و میرلوحی سبزواری از علمای مشهور عهد صفوی نیز درباره پاره ای از رفتارهای نابخردانه صوفیه از وی استفتاء می نماید که گزارش میرلوحی در این باره چنین است: «و حضرت سیادت و نجابت پناه علامة الزمان نادرة الدوران، میرزا رفیع الدّین محمّد، سلمه الله تعالی، همچنین در جواب مسطور ساخته اند: ظاهر است که امور مزبوره فسق است نه صلاح و معصیت است نه طاعت». جایگاه والای این فقیه ومفتی برجسته در حکومت صفوی از آن جا معلوم می شود که خطبة جلوس شاه سلیمان صفوی را او و محقق سبزواری خوانده اند. نزدیک به یک سوم آثار و تألیفات میرزا رفیعا به موضوعات فقه و اصول اختصاص دارد که به ویژه رسایل او در باب صلوة و طهارت، از نظر گروهی از فقیهان، بالاترین دلیل فقاهت و اجتهاد وی به شمار می رود. آثار فقهی و اصولی میرزا بیشتر به گونة حواشی و شروح بر تألیفات علامه حلی مانند: ارشادالاذهان، مختلف الشیعه و قواعدالاحکام یا بر آثار دیگر فقهای اصولی مانند صاحب مدارک، محقق اردبیلی و شیخ حسن صاحب معالم است. از این طریق به خوبی می توان به مشرب اصولی وی در مقابل طرز تفکر اخباریان پی برد. گفتنی است که دیدگاه میرزا رفیعا دربارة وجوب مقدمه واجب در محافل علمی آن زمان مطرح بوده و از جمله از سوی آقا حسین خوانساری در رساله اش پیرامون نفی وجوب مقدمه واجب مورد نقد و بررسی قرار گرفته است. تبرّز و استادی میرزا رفیعا در علوم عقلی بویژه حکمت و کلام اسلامی مورد اتفاق تمامی علما و نویسندگان محقق بوده است. او نزدیک به نیمی از آثار خود را در زمینه مباحث منطقی، فلسفی و کلامی به رشتة تحریر درآورده است و اکثر عالمان نام آور حوزه اصفهان مانند علامه مجلسی، سیّد نعمت الله جزایری، میر محمّداسماعیل خاتون آبادی، ملا عبدالله تونی و سید عبدالحسین خاتون آبادی، علوم معقول و بویژ متون فلسفی را نزد او تعلیم دیده اند. هرچند مشرب او به حکمت مشّاء نزدیک بود و اصول و قواعد فلسفه سینوی را تبیین و تعلیم می نمود، مشی او به پیروی از اساتیدش در مکتب اصفهان مثل میرداماد، شیخ بهایی و میرفندرسکی، تقریب میان دین و فلسفه و برقراری پیوند میان اصول و قواعد فلسفی با مبانی دینی و شرعی بود. نقطة اشتراک تمامی فیلسوفان مکتب اصفهان با همة اختلافاشان، اعم از حامیان مکتب ایمانی میرداماد یا مکتب ایمانی شیخ بهایی، مکتب تنزیهی تبریزی یا حکمت متعالیة صدرایی، باور به گونه ای هماهنگی و تقارن عقل با وحی الهی و نبودن اختلاف میان فلسفه با دین به مدد تأمل باطنی در روایات معصومان، علیهم السلام، بود. میرزا رفیعا از یکسو بدون آنکه به گرایشهای الهیات تبریزی، مانند ملا رجبعلی تبریزی و پیروانش نزدیک شود و از سوی دیگر بدون آنکه تحت تأثیر آراء ملاصدرا قرار گرفته باشد، با پایبندی به قواعد و اصول فلسفی مشائیان و ذوق و توانایی شگرفش در تطبیق مباحث فلسفی با آیات و روایات شیعی، تلاش بسیاری در حل مشکلات کلامی و معضلات تفسیری و حدیثی از خود نشان داد. اشتراک معنوی وجود، وحدت وجود، قِدَم عالَم، تجرد نفس ناطقه و قاعده الواحد از جمله اصول و قواعد و آرای فلسفی بود که در تبیین روایات از آنها کمک می گرفت. بدون آنکه از موازین شرعی و مبانی دینی اش فاصله بگیرد. او خود به شاگردانش فرموده است که «اگر خواهان فلسفه ای هستید که مخالف با اسلام نباشد، به تعلیقات من بر اصول کافی مراجعه کنید». نمونه ای از مشی تقریب میرزا رفیعا را می توان در «شجرة الهیه» او دید که با ذوق ادبی و لطافت تمام، امهات مباحث فلسفی و کلامی را مطرح و با زبردستی به تطبیق آنها با آیات و روایات پرداخته است. او به مدد براهین عقلی و استدلال های فلسفی به تبیین آموزه های دینی پرداخته و با طرح پرسش هایی که احتمال دارد از سوی مخالفان به میان کشیده شود، به پاسخ آنها مبادرت ورزیده است. گویا به سبب اهمیت و نفوذ این کتاب، از او درخواست شد تا خلاصه ای از آن آماده نماید و او «ثمرة شجرة الهیه»را به نگارش درآورد.
میرزا رفیعا در زمینه های حدیث و تفسیر نیز از محدثان برجسته امامیه به شمار می رود و با نگارش شروح و حواشی بر متون مهم روایی و دعایی، مانند نهج البلاغه، اصول کافی و صحیفه سجادیه، به تبیین و تشریح عقلی آنها همت گماشته است.
میرزا رفیعا نایینی در نگاه دانشمندان؛ 1.صاحب «جامع الرواة»: «رفیع الدین محمّد بن حیدر الحسینی الحسنی الطباطبایی النائینی فریده عصره و وحید دهره قدوة المحققین سید الحکماء المتألهین برهان اعظم المتکلمین و أمره فی جلالة قدره و عظم شأنه و سمو رتبته و تبحره فی العلوم العقلیه و دقه نظره و اصابة رأیه و حدسه و ثقته و امانته عدالته اشهر ان یذکر و فوق ما یحوم له العباره».
2. صاحب «بحارالانوار»: «سید الحکماء المتألهین، قدوة الحکماء والمتألهین السیّد السند[...] الامیر رفیع الدین محمّد بن الامیر حیدر الحسینی».
3.صاحب «معالم الدین و معارج الیقین»: «السید البارع الکامل العالم رفیع الملة والدین محمّدرفیع رفعه الله قدره».
4. صاحب «ریاض العلما»: «مولانا میرزا رفیع الدین محمّد النائینی فاضل عالم جلیل عظیم الشأن حکیم متکلم ماهر[...] و هو من المعاصرین»
5.صاحب «قصص الخاقانی»: «سرآمد علما و فضلاء زمان حضرت شاهنشاهی، شارح متن کلام الهی، قنطرة بند دریای حکمت، قطب فلک اعظم قدرت، سالک طریق شرع مبین، منظور نظر حضرت خیرالمرسلین، بحر زخار عالم علم، کوه صاحب شکوه جهان حلم، حاوی الفروع و الاصول، جامع المعقول و المنقول، کاشف اسرار باطنی، حضرت میرزا محمّدرفیعا طباطبایی نایینی است که صدمة حیث کوکب جهانگیر معرفتش در محیط و محاط فلک اعظم شهرت چنان پیچیده که گوش اهل حال به جز طنطنة احادیث کمال آن بلند اقبال از هیچ کس نشنیده. قدرت فطنت علامه فکرتش قاف تا قاف ملک حقیقت را به نحوی گردیده که پیک تیز رفتار طاقت بشریت هرچند به پای شتاب در شور حکمت دویده به سر منزل معرفت آن جناب نرسیده».
وفات و مدفن؛ تاریخ وفات وی را گوناگون نوشته اند. شاگردان و معاصران او مانند صاحب «وقایع السنین»، صاحب «حدائق المقربین» و صاحب سلافة العصر، وفات میرزا رفیعا را سال 1080ق بدون ذکر ماه و روز آن ذکر کرده اند: صاحب «جامع الرواة» می گوید که میرزا در ماه شوال 1079 وفات کرده است. و اما مطابق ماده تاریخ شعر روی قبر وی«مقامٌ رفیع مقامٌ رفیع» به حساب جمل باید گفت که در سال 1082 بدرود حیات گفته است و از این رو صاحب «تاریخ اصفهان»، صاحب «روضات»، صاحب «الذریعه» و صاحب «تذکرة القبور»، سال 1080یا1082 یا هر دو را نوشته اند. محدث قمی نیز در دو موضع، تاریخ فوت را هفتم شوال1082 و در موضعی دیگر گویا به پیروی شیخ خود محدث نوری، سال 1099 ذکر کرده است. با این حال بعضی معتقدند هیچیک از این اقوال صحیح نیست و گویا تحریفی در ماده تاریخ فوت صورت گرفته و بایستی به جای آن «مقام رفیعا مقام رفیع» بوده باشد و از این رو سال وفات 1083 می شود. اما شعر منقوش روی سنگ قبر را چه کسی و در چه زمانی نوشته است که بعداً روی صحت یا سقم عباراتش بتوان نظر داد. در هر حال با توجه به گفتة شاگردان و معاصران او که در زمان فوت وی در اصفهان به سر می برده اند، می توان گفت که میرزا رفیعا در سن هشتاد و پنج سالگی در هفتم شوال 1080ق چشم از جهان فرو بست. به دستور شاه سلیمان صفوی قبه و بارگاهی مجلل و باشکوه بر روی قبر او ساختند و گویا سال 1082 تاریخ بنای بقعة میرزا رفیعا باشد. مساحت مقبره به حدود هفتصد ذرع متر مربع بالغ می شود که صنعت معماری و بنایی و کاشیکاری عهد صفوی در آن از هر حیث تکمیل شده و به عالی ترین درجة ظرافت و زیبایی و استحکام و خوش سلیقگی رسیده است. کتیبه سنگ آرامگاه شامل پنج بیت شعر است که بیت نخستین آن چنین است:
فلک سنگ غم زد به جام رفیع
نمود آسمان تلخ کام رفیع
تکیه مقبره میرزا رفیعا از بناهای تاریخی اصفهان به شمار می رود که در اواخر تخت فولاد منطقه فرودگاه قدیم اصفهان سمت شرقی تکیه بابارکن الدین واقع شده است.


مشروح زندگی نامه

رفیع الدین سید محمّد بن حیدر حسنی حسینی طباطبایی نایینی اصفهانی
مشهور به میرزا رفیعا نایینی. حکیم فقیه، مفسر ادیب، متکلّم و محدّث خبیر از بزرگان مکتب فقهی فلسفی اصفهان در قرن یازدهم هجری.
نامش محمّد، با لقب رفیع الدین و مشهور به «رفیعا»، «میرزا رفیعا» و «آقا رفیعا» است. نسبش از سوی پدر با 24 واسطه به حضرت امام حسن مجتبی (علیه السلام) و از سوی مادر به حضرت امام حسین(علیه السلام) می رسد. پس از طی سیزده فاصله به طاهر بن علی و با نوزده پشت به ابراهیم طباطبا می پیوندد. پدرش میر سیّد حیدر بن زین الدّین علی از زاهدان و پرهیزکاران زمان بوده و گویا امامزاده حیدر مدفون در شمال میدان معصوم خانی مقابل مسجد کلوان نایین هموست. گفته می شود که نیای هفتمش بهاءالدین حیدر بن کمال الدّین حسن نیز از امامزادگان مشهور زوارة اردستان است که در زمان هلاکو شهید شده است. گویا نیای پدر یا مادری اش یزدی بوده اند؛ ولی یزدی بودن نیای پدری یا مادری آن جناب با نایینی بودنش منافات ندارد و نایینی بودن میرزا رفیعا غیر قابل انکار است. وی از سادات ساکن نایین بوده که یا از یزد و نایین به اصفهان و سپس به زوارة اردستان منتهی شده اند و یا از زواره اردستان به نایین مهاجرت کرده اند. گروهی از مورخان معتقدند که میرزا رفیعا با سیّد جلیل القدر معاصرش نورالهدی قاضی نور، نیای اغلب سادات نایین مانند جلوخان، قاضی نور، خوانین، عموزاده بوده و نیای مشترک ایشان در نسل چهارم بوده است. ولی مرحوم بلاغی معتقد است که میرزا رفیعا از سادات طباطبایی زواره نیست که شعبة آنان به نایین آمده و به نام قاضی نور معروف شده است، بلکه از ساداتی است که از یزد و نایین به اردستان و زواره رفته اند. در هر حال اولاد و احفاد میرزا رفیعا پس از حمله افغان به زواره مهاجرت کرده اند.
اساتید و شاگردان؛ میرزا رفیعا حدود سال 995ق در زمان سلطنت شاه عباس کبیر در نایین به دنیا آمد. در آغاز جوانی به، اصفهان آمد و تحصیلات عالی خود را نزد حکیمان و فقیهان نام آور مکتب فلسفی اصفهان مانند ملا عبدالله شوشتری، شیخ بهایی، میرداماد و میرفندرسکی سپری کرد و از سوی شوشتری و شیخ بهایی به دریافت اجازه نایل گشت. میرزا رفیعا زمان شاه عباس اول(متوفی1038ق) را تا عهد شاه سلیمان صفوی(1105-1077ق) درک کرده است. اما طلوع شهرت و اوج نفوذش مقارن عهد شاه صفی (1052-1038) بوده است. از اعاظم علمای حکومت صفوی و از دانشمندان طراز اول زمان خود به شمار می رود و آوازة فضل و دانش و اخلاق و فضیلت او در اطراف و اکناف ایران، سیل مشتاقان علم و معرفت را به سوی او رهسپار نمود. تمامی منابع و نویسندگان نام او را به بزرگی و احترام برده و عظمت قدر و سعة صدر، تقوی و وارستگی و استادی اش در فنون و دانش های گوناگون عقلی و نقلی را ستوده اند. محضر او محل استفادة فضلا و علمای حوزة اصفهان و از معروف ترین و بزرگترین مدارس دانش پژوهان قرن یازدهم به شمار می رفته است؛ از جمله بزرگانی که نزد وی شاگردی کرده یا از وی به دریافت اجازه نایل گردیده اند، می توان به فقها و محدثان یا حکما و متکلمان نام آور ذیل اشاره کرد: ملا محمّدباقر مجلسی، شیخ حر عاملی، سیّد نعمت الله جزایری، میر سیّد محمّد اسماعیل خاتون آبادی، ملا محمّدرفیع بن فرج گیلانی، میر عبدالحسین خاتون آبادی، شیخ ابوطالب گیلانی اصفهانی، میرمحمّدصالح خاتون آبادی، میرمعصوم حسینی تبریزی، محمّدمهدی بن رضا مشهدی، میرزا ابوالحسن بهاءالدّین محمّد نایینی اصفهانی، شیخ عیسی جیرانی بن محمّد صالح بیک تبریزی، مولی لاچین بن عبدالله گرجی اصفهانی، محمود شیرازی، ملا عبدالله تونی، محمّدقاسم تبریزی، محمّدباقر حسینی، محمّدرضا بن محمّد صفی تبریزی و ابن محمّد شفیع.
شماری از نویسندگان به شاگردی بزرگانی مانند آقا حسین خوانساری، محقق سبزواری و ملا محمّدصادق اردستانی نزد میرزا رفیعا نایینی اشاره کرده اند. با توجه به تقدم سنی میرزا رفیعا بر دانشمندان نامبرده و جایگاه والای علمی و تسلط وی بر دانش ها و فنون مختلف، به نظر می رسد که بسیاری از فضلا و طلاب جوان مشغول به تحصیل در حوزة اصفهان در نیمة اول قرن یازدهم، از محضر میرزا رفیعا نیز بهره برده باشند. از این رو چه بسا بزرگانی مانند فاضل سراب، آقا جمال خوانساری، میرزای شروانی، آقا رضی خوانساری، ملا سعید مازندرانی و مانند آنان نیز از جناب میرزا رفیعا استفاده کرده باشند. گفتنی است که هانری کربن در تاریخ فلسفه اسلامی میرزا رفیعا را از شاگردان آقا حسین خوانساری معرفی کرده که نادرست است.
آثار و تألیفات؛ وی در شاخه های گوناگون علوم و معارف اسلامی آثاری ارزنده و برجسته از خود به جای گذاشته است.
1. «اجوبة المسائل» در فقه به فارسی. 2.«اسماءالحسنی» به فارسی. 3.«التّشکیک» یا رساله «فی التّشکیک و حقیقته»، به عربی در فلسفه و حکمت اسلامی. 4.«ثمرة شجرة الهیه»،
5. «حاشیه بر استبصار» شیخ طوسی.
6.«حاشیه بر اصول کافی» یا «شرح اصول کافی» به عربی.
7.«حاشیة شرح اشارات».
8.«حاشیه بر ارشاد الاذهان» علامه حلّی در فقه به عربی.
9.«حاشیه بر ارشاد الاذهان» محقق اردبیلی
10.«حاشیه بر شرح حکمة العین» میر سیّد شریف گرگانی
11.«حاشیه بر شرح حکمة العین» میرک بخاری
12. «حاشیه بر شرح مطالع» در منطق.
13.«حاشیه بر شرح مختصرالاصول» 14. «حاشیه یا شرح بر صحیفة سجادیه»
15.«حاشیه بر قواعد» علامه حلی
16.«حاشیه بر مختلف الشیعة» علامه حلی در فقه و به عربی.
17.«حاشیه بر مدارک الاحکام» سید محمّد عاملی در فقه به عربی.
18. «حاشیه بر معالم الاصول» شیخ حسن بن زین الدّین عاملی، در اصول فقه و به عربی
19.«حاشیه یا شرح نهج البلاغه».
20.«رسالة فی شبهة الاستلزام و جوابها»
21.« رساله در شبهة تناقض»
22.«رساله در تحریم تسمیه صاحب الزّمان(عج)»، یا «رسالة تحریمیه»
23.«رساله در سریان وجود»
24.«رساله ای در صرف و نحو» به فارسی.
25. «رساله ای در صلاة جمعه» به عربی
26.«رساله ای مشتمل بر علم الهی» در اثبات نبوت و امامت و معاد.
27.«رساله ای در کلام» به فارسی. 28.«رساله ای در فقه» به طریق استدلال نزدیک به ده هزار بیت.
29.«شرح حدیث حدوث الاسما»
30.«شجرة الهیه» به فارسی.
31.«فتوایی در ذم صوفیه» 32. «مکتوبات و نامه ها».
جایگاه علمی میرزا رفیعا؛ او در دوران طلایی و اوج شکوفایی فرهنگ و معارف شیعه در قرن یازدهم هجری می زیست و خود از افتخارات و سرمایه های بزرگ علمی و معنوی آن عصر به شمار می رفت. از القاب و عناوین برجسته ای که علمای معاصرش برای او ذکر کرده اند، به خوبی می توان به مقام و منزلت علمی وی در حوزه بزرگ اصفهان پی برد. صاحب «سلافة العصر» از او به «دانشمندترین فرد زمان» و علامة مجلسی به «سرور و بزرگ فیلسوفان و حکیمان الهی» و صاحب «جامع الرواة» به «پیشوای محققان» تعبیر کرده اند و در مآخذ معتبر، دقت و ژرفای اندیشه، استحکام و صلابت رأی، گستردگی معلومات و سعة صدر او را ستوده اند. او فقیهی صاحب نظر و مجتهدی توانا و از مفتیان عهد صفوی به شمار می رفت که در حل و فصل دشواری های فقهی، پادشاه وقت به او مراجعه می کرد. در مسألة نماز جمعه که اکثر فقیهان زمان یا به وجوب عینی و یا به حرمت آن قایل بودند، به وجوب تخییری آن معتقد بود و دیدگاهش در میان فقیهان مطرح و محل بحث و گفتگو قرار گرفت، از جمله میرزا علیرضا تجلی در ردیة خود بر رسالة محقق سبزواری- که قایل به وجوب عینی نماز جمعه بود- به رأی میرزا رفیعا اشاره می کند. علما و فضلای وقت نیز پرسش های فقهی خود را از او جویا می شدند و به فضیلت و اعلمیت و جامعیت او اذعان داشتند. میر سیّد مهدی حسینی از فضلای آن زمان بیش از سیصد پرسش فقهی را از او جویا می شود که با پاسخ های عالمانه و فقیهانه میرزا رفیعا روبرو می شود و میرلوحی سبزواری از علمای مشهور عهد صفوی نیز درباره پاره ای از رفتارهای نابخردانه صوفیه از وی استفتاء می نماید که گزارش میرلوحی در این باره چنین است: «و حضرت سیادت و نجابت پناه علامة الزمان نادرة الدوران، میرزا رفیع الدّین محمّد، سلمه الله تعالی، همچنین در جواب مسطور ساخته اند: ظاهر است که امور مزبوره فسق است نه صلاح و معصیت است نه طاعت». جایگاه والای این فقیه ومفتی برجسته در حکومت صفوی از آن جا معلوم می شود که خطبة جلوس شاه سلیمان صفوی را او و محقق سبزواری خوانده اند. نزدیک به یک سوم آثار و تألیفات میرزا رفیعا به موضوعات فقه و اصول اختصاص دارد که به ویژه رسایل او در باب صلوة و طهارت، از نظر گروهی از فقیهان، بالاترین دلیل فقاهت و اجتهاد وی به شمار می رود. آثار فقهی و اصولی میرزا بیشتر به گونة حواشی و شروح بر تألیفات علامه حلی مانند: ارشادالاذهان، مختلف الشیعه و قواعدالاحکام یا بر آثار دیگر فقهای اصولی مانند صاحب مدارک، محقق اردبیلی و شیخ حسن صاحب معالم است. از این طریق به خوبی می توان به مشرب اصولی وی در مقابل طرز تفکر اخباریان پی برد. گفتنی است که دیدگاه میرزا رفیعا دربارة وجوب مقدمه واجب در محافل علمی آن زمان مطرح بوده و از جمله از سوی آقا حسین خوانساری در رساله اش پیرامون نفی وجوب مقدمه واجب مورد نقد و بررسی قرار گرفته است. تبرّز و استادی میرزا رفیعا در علوم عقلی بویژه حکمت و کلام اسلامی مورد اتفاق تمامی علما و نویسندگان محقق بوده است. او نزدیک به نیمی از آثار خود را در زمینه مباحث منطقی، فلسفی و کلامی به رشتة تحریر درآورده است و اکثر عالمان نام آور حوزه اصفهان مانند علامه مجلسی، سیّد نعمت الله جزایری، میر محمّداسماعیل خاتون آبادی، ملا عبدالله تونی و سید عبدالحسین خاتون آبادی، علوم معقول و بویژ متون فلسفی را نزد او تعلیم دیده اند. هرچند مشرب او به حکمت مشّاء نزدیک بود و اصول و قواعد فلسفه سینوی را تبیین و تعلیم می نمود، مشی او به پیروی از اساتیدش در مکتب اصفهان مثل میرداماد، شیخ بهایی و میرفندرسکی، تقریب میان دین و فلسفه و برقراری پیوند میان اصول و قواعد فلسفی با مبانی دینی و شرعی بود. نقطة اشتراک تمامی فیلسوفان مکتب اصفهان با همة اختلافاشان، اعم از حامیان مکتب ایمانی میرداماد یا مکتب ایمانی شیخ بهایی، مکتب تنزیهی تبریزی یا حکمت متعالیة صدرایی، باور به گونه ای هماهنگی و تقارن عقل با وحی الهی و نبودن اختلاف میان فلسفه با دین به مدد تأمل باطنی در روایات معصومان، علیهم السلام، بود. میرزا رفیعا از یکسو بدون آنکه به گرایشهای الهیات تبریزی، مانند ملا رجبعلی تبریزی و پیروانش نزدیک شود و از سوی دیگر بدون آنکه تحت تأثیر آراء ملاصدرا قرار گرفته باشد، با پایبندی به قواعد و اصول فلسفی مشائیان و ذوق و توانایی شگرفش در تطبیق مباحث فلسفی با آیات و روایات شیعی، تلاش بسیاری در حل مشکلات کلامی و معضلات تفسیری و حدیثی از خود نشان داد. اشتراک معنوی وجود، وحدت وجود، قِدَم عالَم، تجرد نفس ناطقه و قاعده الواحد از جمله اصول و قواعد و آرای فلسفی بود که در تبیین روایات از آنها کمک می گرفت. بدون آنکه از موازین شرعی و مبانی دینی اش فاصله بگیرد. او خود به شاگردانش فرموده است که «اگر خواهان فلسفه ای هستید که مخالف با اسلام نباشد، به تعلیقات من بر اصول کافی مراجعه کنید». نمونه ای از مشی تقریب میرزا رفیعا را می توان در «شجرة الهیه» او دید که با ذوق ادبی و لطافت تمام، امهات مباحث فلسفی و کلامی را مطرح و با زبردستی به تطبیق آنها با آیات و روایات پرداخته است. او به مدد براهین عقلی و استدلال های فلسفی به تبیین آموزه های دینی پرداخته و با طرح پرسش هایی که احتمال دارد از سوی مخالفان به میان کشیده شود، به پاسخ آنها مبادرت ورزیده است. گویا به سبب اهمیت و نفوذ این کتاب، از او درخواست شد تا خلاصه ای از آن آماده نماید و او «ثمرة شجرة الهیه»را به نگارش درآورد.
میرزا رفیعا در زمینه های حدیث و تفسیر نیز از محدثان برجسته امامیه به شمار می رود و با نگارش شروح و حواشی بر متون مهم روایی و دعایی، مانند نهج البلاغه، اصول کافی و صحیفه سجادیه، به تبیین و تشریح عقلی آنها همت گماشته است.
میرزا رفیعا نایینی در نگاه دانشمندان؛ 1.صاحب «جامع الرواة»: «رفیع الدین محمّد بن حیدر الحسینی الحسنی الطباطبایی النائینی فریده عصره و وحید دهره قدوة المحققین سید الحکماء المتألهین برهان اعظم المتکلمین و أمره فی جلالة قدره و عظم شأنه و سمو رتبته و تبحره فی العلوم العقلیه و دقه نظره و اصابة رأیه و حدسه و ثقته و امانته عدالته اشهر ان یذکر و فوق ما یحوم له العباره».
2. صاحب «بحارالانوار»: «سید الحکماء المتألهین، قدوة الحکماء والمتألهین السیّد السند[...] الامیر رفیع الدین محمّد بن الامیر حیدر الحسینی».
3.صاحب «معالم الدین و معارج الیقین»: «السید البارع الکامل العالم رفیع الملة والدین محمّدرفیع رفعه الله قدره».
4. صاحب «ریاض العلما»: «مولانا میرزا رفیع الدین محمّد النائینی فاضل عالم جلیل عظیم الشأن حکیم متکلم ماهر[...] و هو من المعاصرین»
5.صاحب «قصص الخاقانی»: «سرآمد علما و فضلاء زمان حضرت شاهنشاهی، شارح متن کلام الهی، قنطرة بند دریای حکمت، قطب فلک اعظم قدرت، سالک طریق شرع مبین، منظور نظر حضرت خیرالمرسلین، بحر زخار عالم علم، کوه صاحب شکوه جهان حلم، حاوی الفروع و الاصول، جامع المعقول و المنقول، کاشف اسرار باطنی، حضرت میرزا محمّدرفیعا طباطبایی نایینی است که صدمة حیث کوکب جهانگیر معرفتش در محیط و محاط فلک اعظم شهرت چنان پیچیده که گوش اهل حال به جز طنطنة احادیث کمال آن بلند اقبال از هیچ کس نشنیده. قدرت فطنت علامه فکرتش قاف تا قاف ملک حقیقت را به نحوی گردیده که پیک تیز رفتار طاقت بشریت هرچند به پای شتاب در شور حکمت دویده به سر منزل معرفت آن جناب نرسیده».
وفات و مدفن؛ تاریخ وفات وی را گوناگون نوشته اند. شاگردان و معاصران او مانند صاحب «وقایع السنین»، صاحب «حدائق المقربین» و صاحب سلافة العصر، وفات میرزا رفیعا را سال 1080ق بدون ذکر ماه و روز آن ذکر کرده اند: صاحب «جامع الرواة» می گوید که میرزا در ماه شوال 1079 وفات کرده است. و اما مطابق ماده تاریخ شعر روی قبر وی«مقامٌ رفیع مقامٌ رفیع» به حساب جمل باید گفت که در سال 1082 بدرود حیات گفته است و از این رو صاحب «تاریخ اصفهان»، صاحب «روضات»، صاحب «الذریعه» و صاحب «تذکرة القبور»، سال 1080یا1082 یا هر دو را نوشته اند. محدث قمی نیز در دو موضع، تاریخ فوت را هفتم شوال1082 و در موضعی دیگر گویا به پیروی شیخ خود محدث نوری، سال 1099 ذکر کرده است. با این حال بعضی معتقدند هیچیک از این اقوال صحیح نیست و گویا تحریفی در ماده تاریخ فوت صورت گرفته و بایستی به جای آن «مقام رفیعا مقام رفیع» بوده باشد و از این رو سال وفات 1083 می شود. اما شعر منقوش روی سنگ قبر را چه کسی و در چه زمانی نوشته است که بعداً روی صحت یا سقم عباراتش بتوان نظر داد. در هر حال با توجه به گفتة شاگردان و معاصران او که در زمان فوت وی در اصفهان به سر می برده اند، می توان گفت که میرزا رفیعا در سن هشتاد و پنج سالگی در هفتم شوال 1080ق چشم از جهان فرو بست. به دستور شاه سلیمان صفوی قبه و بارگاهی مجلل و باشکوه بر روی قبر او ساختند و گویا سال 1082 تاریخ بنای بقعة میرزا رفیعا باشد. مساحت مقبره به حدود هفتصد ذرع متر مربع بالغ می شود که صنعت معماری و بنایی و کاشیکاری عهد صفوی در آن از هر حیث تکمیل شده و به عالی ترین درجة ظرافت و زیبایی و استحکام و خوش سلیقگی رسیده است. کتیبه سنگ آرامگاه شامل پنج بیت شعر است که بیت نخستین آن چنین است:
فلک سنگ غم زد به جام رفیع
نمود آسمان تلخ کام رفیع
تکیه مقبره میرزا رفیعا از بناهای تاریخی اصفهان به شمار می رود که در اواخر تخت فولاد منطقه فرودگاه قدیم اصفهان سمت شرقی تکیه بابارکن الدین واقع شده است.